Wiercenie CNC polega na mechanicznym usuwaniu materiału za pomocą obracającego się narzędzia skrawającego. Głowica maszyny porusza się zgodnie z zaprogramowanymi współrzędnymi, a narzędzie zagłębia się w materiał na określoną głębokość.
Położenie każdego otworu jest określone w programie CNC. Dzięki temu możliwe jest wykonywanie wielu otworów w dokładnie zaplanowanych miejscach bez konieczności ręcznego wyznaczania ich położenia.